Arbeitsgruppe: Translationale Tumorforschung
Leiter: Dr. Fabian D. Mairinger

Hintergrund:
Der Hauptfokus der Arbeitsgruppe liegt auf im Gebiet der translationalen Tumorforschung. Hauptsächlich beschäftigen wir uns organübergreifend mit der Identifizierung und biologischen Charakterisierung von Biomarkern im Hinblick auf Diagnostik, Risikostratifizierung und personalisierter Therapie bei Tumorerkrankungen. Dafür werden die Hallmarks of Cancer auf Hauptziele nach dem „basket“-Prinzip untersucht um Pathogenese, Metastasierungsverhalten und klassischer Malignitätsmarker (EMT etc.) zu verstehen.

Technisches Portfolio:
Zur Biomarkerfindung (Proteine, Nukleinsäuren, Wirkmechanismen sowie Funktionalitätsanalysen) nutzen wir folgende Technologien und Methoden:
 

• NanoString nCounter Plattform: Die nCounter Plattform bietet die Möglichkeit zur digitalen (quatitativen und semiquantitativen) Analyse von Nukleinsäuren (miRNA, mRNA, lncRNA, CNV, Fusionsgenen und Chromatin-Immunoprezipitation) und Proteinen.
• Illumina MiSeq: Der MiSeq bietet die Möglichkeit von amplikonbasierter Hochdurchsatzsequenzierung, aber auch whole-Exom-Sequencing, RNA-Seq sowie whole-genome-Sequenzierung kleinerer Genome sind möglich.
• Zellkultivierung und Analyse: Am Standort der Ruhrlandklinik steht unserer Arbeitsgruppe ein S1 Labor für die Kultivierung und Analyse (BRET-Analysen, Substrat-Assays, Knock-down/-out/-in, pharmakokinetische Analysen von Inhibitoren) von Zelllinien zur Verfügung.
• In-situ Hybridisierung: Als Teil des Institutes für Pathologie haben wir die Möglichkeit, chromosomale Veränderungen mittels FISH und CISH zu untersuchen.
• Amplifikationsbasierte Methoden: Ebenso wie die klassische (q)PCR (inkl. HRM und HybProbe) gehören Sequenzierung nach Sanger sowie Pyrosequencing zu unseren Methoden. Ein besonderes Augenmerk unserer Arbeitsgruppe liegt in der Entwicklung und Verbesserung isothermaler Amplifikationsmethoden sowie Sonden- und Primer-unabhängiger spezifischer Amplifikation einzelner Zielsequenzen.

Forschungsschwerpunkte:

• Biologische Charakterisierung von differenzierten Schilddrüsentumoren bezüglich ihres Malignitätspotentials sowie Identifizierung neuer Therapieziele
• Entwicklungsbiologische Analyse von medullären Schilddrüsenkarzinomen
• Analyse prognostischer und prädiktiver Biomarker im malignen Pleuramesotheliom
• Biologische Analyse des Metastasierungsprozesses (synchron vs. diachron)
• Charakterisierung und Einteilung neuroendokriner Lungentumore in biologische Subentitäten
• Aufschlüsselung der genauen Wirkmechanismen von Immune-Checkpoint Inhibitoren
• Entwicklung neuer molekulargenetischer Methoden für die Routinediagnostik
• Kooperationsprojekte (v.a. Mammakarzinom, Ovarialkarzinom, Prostatakarzinom, NSCLC)